Nổi bật trong số này là 4 di tích: hang Thẳm Kít, hang Thẳm Mỳa, hang Nả Phoòng và Động ba cửa thuộc xã Nam Mẫu, huyện Ba Bể. Đặc điểm chung các di tích hang tiền sử này là phân bố trong vùng lõi của Vườn Quốc gia, gần lòng hồ, cửa hang trông xuống hồ Ba Bể.
